Seksi Transmigrasi dipimpin oleh seorang kepala seksi yang bertanggung jawab langsung kepada kepala bidang tenaga kerja dan transmigrasi. Seksi Transmigrasi mempunyai tugas pokok mengolah dan menyusun bahan perumusan kebijakan teknis, melaksanakan kegiatan dan menyusun laporan di seksi transmigrasi.

Seksi transmigrasi dalam melaksanakan tugas menyelenggarakan fungsi :

1. penyusunan program kegiatan seksi transmigrasi;
2. pengumpulan dan pengolahan bahan perumusan kebijakan transmigrasi;
3. pemberian dukungan terhadap pelaksanaan tugas dan fungsi dilingkungan bidang tenaga kerja dan transmigrasi;
4. koordinasi dan fasilitasi sesuai dengan tugas pokok dan fungsi seksi transmigrasi;
5. penyelenggaraan urusan pemerintahan di bidang transmigrasi yang meliputi : pengembangan kawasan kota terpadu mandiri, pembinaan transmigrasi, penyiapan lahan sarana dan prasarana pemukiman transmigrasi lokal;
6. pembinaan kawasan transmigrasi;
7. penyelenggaraan kegiatan dan adminitasi seksi transmigrasi;
8. monitoring, evaluasi dan penyusunan laporan terhadap pelaksanaan tugas dan fungsi seksi transmigrasi; dan
9. penyelenggaraan tugas kedinasan lainya yang diberikan atasan sesuai dengan tugas dan fungsinya.